Sewaktu pendudukan Jepun di Tanjong Malim, kawasan SITC dijadikan sebagai markas operasi tentera Jepun. Kawasan ini dikatakan pernah menjadi tapak untuk perlaksanaan hukuman pancung oleh tentera Jepun. Jepun mula menduduki SITC pada bulan Februari 1942 hingga Ogos 1945. Sepanjang pendudukan Jepun, penuntut SITC dipindahkan ke Istana Hilir dan Istana Hulu di Kuala Kangsar, manakala barang-barang pula diangkut melalui kereta api yang dimuatkan dalam 70 buah gerabak. Apabila penggal pengajian disambung kembali pada 1 April 1946, kawasan ini terpaksa dibersihkan kerana banyak dijumpai tengkorak dan tulang-tulang manusia yang tertimbus dalam lubang dan kubu-kubu yang terbiar serta dipenuhi semak samun.